胃鏡檢查有一些禁忌證，如患有嚴(yán)重的心肺疾病、咽部炎癥、降主動脈瘤、食管狹窄、壞死性食管炎、急性蜂窩織炎等；出現(xiàn)肝性腦病等嚴(yán)重并發(fā)癥也屬禁忌（但上消化道出血不屬禁忌）；少數(shù)患者精神過度緊張、有抗拒心理、不合作，則不宜做胃鏡檢查。
胃鏡檢查在一般情況下是安全的。只是在檢查過程中和檢查后，可能會出現(xiàn)咽部不適或輕度疼痛等，多數(shù)患者都能耐受。極少數(shù)情況下會出現(xiàn)如食管或胃穿孔、出血等一些少見的并發(fā)癥，往往需要外科處理。
