乙型肝炎病毒基因組為一半環(huán)狀雙股脫氧核糖核酸，全長約4761個堿基對（bp)，其負股（長鏈）有4個主要開放讀碼框架（ORF）：S基因區(qū)、C基因區(qū)、P基因區(qū)和X基因區(qū)。
1.S基因區(qū)全長1167個堿基對，由S基因、前S1基因及前S2基因組成。S基因區(qū)編碼產(chǎn)物均屬于乙型肝炎病毒囊膜蛋白，即乙型肝炎表面抗原（HBsAg）的范疇。
2.C基因區(qū)全長636個堿基對，由前C基因和C基因組成。前C基因（87個堿基對）編碼含29個氨基酸的多肽，稱功能性信號肽；C基因（549個堿基對）編碼乙型肝炎核心抗原（HBcAg）；前C基因和C基因連續(xù)編碼，則產(chǎn)生乙型肝炎e抗原前體蛋白。功能性信號肽將乙型肝炎e抗原前體蛋白引導至肝細胞內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜，其氨基端和羧基端被部分削減，即形成乙型肝炎e抗原。
3.P基因區(qū)全長2496個堿基對，編碼含832個氨基酸的多肽，稱為乙型肝炎病毒脫氧核糖核酸多聚酶（聚合酶）。此酶為乙型肝炎病毒脫氧核糖核酸生物合成所必需。血清乙型肝炎病毒脫氧核糖核酸多聚酶陽性是乙型肝炎病毒復(fù)制活躍和傳染性強的標志。
4.X基因區(qū)全長462個堿基對，編碼154個氨基酸的多肽，即乙型肝炎x抗原。乙型肝炎x抗原也是乙型肝炎病毒復(fù)制活躍和傳染性強的標志。血清乙型肝炎x抗原及其抗體（抗HBx）動態(tài)變化和乙型肝炎e抗原及其抗體大體一致。乙型肝炎x抗原有反式激活(transactivation）功能，可激活肝細胞基因組內(nèi)的原癌基因，促使肝細胞癌變，故與原發(fā)性肝癌的發(fā)生有關(guān)。血清乙型肝炎x抗體陽性提示乙型肝炎病毒復(fù)制減弱，但乙型肝炎e抗原陽性的慢性活動性肝炎、肝硬化和原發(fā)性肝癌患者血清中也常檢出乙型肝炎x抗體。
