很難直接對病毒產生作用，必須依賴人體的免疫功能。
其次，乙肝病毒的復制是在肝細胞內進行的，而治療藥物必須是小分子物質才能進入肝細胞內發(fā)揮抗病毒作用。乙肝病毒在人體肝臟以外的組織中的潛伏期平均為90-120天，因此抗病毒藥物要發(fā)揮作用，必須要有足夠的療程、系統(tǒng)的治療。
第三，乙肝病毒在某些藥物作用下，會發(fā)生病毒基因變異，產生耐藥性或免疫逃避。因而在選擇治療藥物時應當慎重。
第四，乙肝病毒感染肝細胞后，隨著病程的延長，病毒可能與肝細胞的基因產生整合。一旦發(fā)生這種現(xiàn)象，治療難度就會明顯加大。因此，乙肝治療必須及時。
此外，乙肝垂直傳播容易形成的免疫耐受。感染乙肝病毒的母親通過胎盤感染胎兒，孩子出生后，由于免疫系統(tǒng)發(fā)育不完善，免疫功能不健全，不能有效地識別乙肝病毒，從而造成乙肝病毒感染。再者，乙肝病毒的復制模式不同于一般病毒，會有病毒復制的原如模板形成，并穩(wěn)定地貯存在肝細胞核內，一般的抗病毒藥對模板無效，因而乙肝患者在停藥后往往發(fā)生病情反復。
