核酸是病毒的核心部分，乙肝病毒的復(fù)制是以核酸的DNA為模板進(jìn)行復(fù)制的。
1．基因復(fù)制乙肝病毒的基因（DNA）是由兩條螺旋的DNA鏈連成的一個(gè)環(huán)形結(jié)構(gòu)。其中一條長(zhǎng)鏈（分子生物學(xué)上稱(chēng)為負(fù)鏈）已經(jīng)形成完整的環(huán)狀；另一條長(zhǎng)度較短的鏈（分子生物學(xué)上稱(chēng)為正鏈）呈半環(huán)狀。在復(fù)制過(guò)程中，這條半環(huán)狀的DNA鏈就會(huì)以負(fù)鏈為模板，在催化劑──乙肝病毒DNA聚合酶的作用下延長(zhǎng)，最終形成完整的環(huán)狀。這時(shí)的乙肝病毒基因就形成了一個(gè)完全環(huán)狀的雙股DNA。我們把這種DNA稱(chēng)作共價(jià)閉合環(huán)狀DNA（即cccDNA），可以把它看作是病毒復(fù)制的原始模板。模板形成后，病毒基因會(huì)以其中的一條cccDNA為模板，利用肝細(xì)胞基因中的酶和DNA聚合酶的“催化”，一段基因又一段基因地復(fù)制，形成負(fù)鏈和正鏈。最后再裝配到一起形成新的乙肝病毒DNA顆粒。
2．共價(jià)閉合環(huán)狀DNA（cccDNA）cccDNA是一個(gè)完全環(huán)狀的雙股螺旋結(jié)構(gòu)，結(jié)構(gòu)非常穩(wěn)定，難以破壞。乙肝病毒的基因復(fù)制是以cccDNA為模板的，cccDNA是乙肝病毒復(fù)制中重要的中間產(chǎn)物，一旦它在肝細(xì)胞核內(nèi)形成，就具有了高度的穩(wěn)定性，可長(zhǎng)期存在于肝細(xì)胞內(nèi)，不但起著上述的“模板”作用，而且還像深深扎根在泥土里的野草一樣很難完全清除，所以有人把它稱(chēng)為“超螺旋結(jié)構(gòu)”。不論用什么抗病毒藥物，不論細(xì)胞內(nèi)的DNA受到多大的抑制，也不論用藥的時(shí)間有多久，都很難清除這種cccDNA。只要肝細(xì)胞內(nèi)有很少量的cccDNA，當(dāng)停藥后，核內(nèi)的cccDNA又可以再次成為病毒復(fù)制的“模板”，繼續(xù)復(fù)制乙肝病毒的DNA，這也是乙肝很難根治的原因。
3．血液中發(fā)現(xiàn)HBV-DNA是乙肝病毒存在及有無(wú)復(fù)制能力的直接標(biāo)志。在乙肝活動(dòng)期，HBV-DNA一般均呈現(xiàn)陽(yáng)性，病情越重，含量越高。目前臨床對(duì)HBV-DNA可以做出定性和定量的檢測(cè)。HBV-DNA含量還是使用某些藥物（如干擾素、核苷類(lèi)抗病毒藥物等）和判斷療效的依據(jù)之一，藥物有效，病毒復(fù)制受到明顯抑制的話，HBV-DNA含量就會(huì)明顯下降，甚至轉(zhuǎn)陰。
