HBeAg在HBV的核心內(nèi)，由于不能與核酸結(jié)合，而被分泌到肝細(xì)胞之外。在外周血液中，HBeAg以游離型和結(jié)合型（與球蛋白）混合存在。由于產(chǎn)生HBeAg的前體是來自HBV復(fù)制過程中的前基因RNA，故外周血液可溶性HBeAg是HBV復(fù)制過程中產(chǎn)生的副產(chǎn)物。
HBeAg在急性乙肝潛伏期的后期出現(xiàn)，略晚于HBsAg。HBsAg在血內(nèi)的高峰期也是HBeAg的高峰期，進(jìn)入恢復(fù)期，它隨著HBsAg的消失而消失。若急性乙肝發(fā)病3～4個(gè)月后HBeAg轉(zhuǎn)陰，表示預(yù)后良好；若持續(xù)陽(yáng)性，則有乙肝慢性化的可能。
但有一部分慢性乙肝病人的HBeAg雖為陰性，但仍可在血液中檢測(cè)到HBV顆粒，HBV-DNA仍可呈陽(yáng)性，肝臟中仍有炎癥反應(yīng)的持續(xù)，且病情相當(dāng)嚴(yán)重。經(jīng)核苷酸序列分析證明，這些慢性乙肝患者HBeAg陰性是由于HBV的基因突變，即HBV基因的前C區(qū)核苷酸序列改變，阻止了HBeAg的形成。
HBeAg陽(yáng)性，不但在血清中可能發(fā)現(xiàn)有完整的乙肝病毒（Dane顆粒），而且說明它們?cè)隗w內(nèi)的復(fù)制活躍，HBV-DNA含量增加，DNA-P活性升高，均可表現(xiàn)為強(qiáng)陽(yáng)性，同時(shí)抗HBc?IgM也可能陽(yáng)性。說明HBeAg陽(yáng)性是乙肝病毒的重要的傳染性指標(biāo)，它的出現(xiàn)，說明病人有很大的傳染性。HBeAg滴度高，更提示HBV的活動(dòng)性復(fù)制，傳染性極大（80%～100％），若當(dāng)接觸者無(wú)意刺破皮膚后接觸到這種病人的血液，則易患乙肝，但接觸到HBeAg陰性的血液則不易患乙肝。HBsAg及HBeAg雙陽(yáng)性的血清稀釋到1/4萬(wàn)時(shí)仍有傳染性。
血中HBeAg持續(xù)陽(yáng)性，說明HBV的復(fù)制也是持續(xù)性的，持續(xù)性的復(fù)制必然伴有肝細(xì)胞的破壞，破壞程度的大小可表現(xiàn)為慢性遷延性肝炎、慢性活動(dòng)肝炎及活動(dòng)性肝硬化等的肝功能中轉(zhuǎn)氨酶持續(xù)升高或反復(fù)升高，這些患者往往伴有HBeAg陽(yáng)性。
但有不少的慢性HBsAg攜帶者或慢性無(wú)癥狀乙肝的患者的肝功能一貫正常，而常常伴有HBeAg陽(yáng)性。這是因?yàn)殡m然有HBV復(fù)制，但肝細(xì)胞破壞輕微，何況人的肝細(xì)胞的再生能力和代償能力很強(qiáng)，一部分肝細(xì)胞的再生足以代償部分肝細(xì)胞的破壞，所以臨床上既不表現(xiàn)為肝功能異常，也不出現(xiàn)臨床癥狀。
